Trepuzzi è inserita storicamente nella Terra d'Otranto e, meglio, nella provincia di Lecce e nella stessa diocesi.
Rappresenta e ricorda, per la sua parte, l'antichissima Japigia, la Messapia, la Calabria, la Salentina. Certo è che Aristotele (quattro secoli prima di Cristo), Erodoto, Antioco, Scillace, Tucidite, Pausania, Strabone, Tolomeo e tanti altri storici e geografi remotissimi, quali più quali meno, la descrissero nelle loro opere e ne fecero onorevole ricordarla.
Fu la parte più considerevole ed estesa, la terra d'Otranto, della Magna Grecia, prodigio della civiltà pagana.
Trepuzzi ha ovviamente seguito le sorti e le vicende di invasioni e denominazioni, per secoli, dai Romani, dai Goti, dai Greci, dai Longobardi, dai Normanni; assoggettata in seguito agli Svevi, agli Angioini, al Principato di Taranto, agli Aragonesi, ai Turchi che la saccheggiarono, ai Francesi e ancora una volta ai Borboni e da ultimo ai Reali di Savoia.
Da una leggenda pagana si vuole che in località prossima a S. Angelo, al tempo dei Romani, sorgesse un'area dedicata a Bacco dove i patrizi della vicina Lupiae si davano convegno per i Baccanali con feste, danze, baldorie, bagordi e orgie, donde il nome di «Tripudium» dato al luogo.
Il fatto che lo stemma comunale rechi i tre pozzi dimostra soltanto che ad un certo punto della storia trepuzzina è prevalsa la versione dei «pozzi». Invece l'etimologia Tripudium è più logica soprattutto nella menzione del Galateo, dove in «triputeanam villulam» è chiaramente evidente la radice tri e non tre come dovrebbe essere il numero cardinale tres, se si fossero voluti indicare i tre pozzi. Che poi si sia corrotta la voce trepuzze, ciò deriva dal fatto che realmente ci sono stati i tre pozzi nel primo nucleo popolato, in aggiunta all'originario, e dopo la scomparsa di Terenzano, a tutto vantaggio di Trepuzzi che si ingrandiva e meglio si ubicava lungo la direttrice viaria di grande comunicazione: l'Adriatica. Ne consegue che le due versioni non sono opposte ma si integrano.
Infatti, effettivamente, l'etimologia originale resta «Tripudium», solo che successivamente, al luogo di Tripudio, si aggiunge un altro nucleo abitato, con tre pozzi, che assorbì e fece decadere il primo.
Successivamente, il paese si è esteso sì da comprendere entrambe le località; divennero centro storico quello che era zona nuova e viceversa. Inoltre va considerato, che per una curiosa coincidenza, sia Tripudium che Treputium possono benissimo riconoscersi in Trepuzzi che sembra la sintesi dei due vocaboli.
Le prime tracce documentali si hanno nel 1190 essendo coronato il re Tancredi conte di Lecce, dopo la morte del re Guglielmo il buono, suo zio, donò al Vescovo di Lecce alcuni luoghi e gli assegnò per diocesi tutti i Casali del suo contado tra i quali vi fu Trepuzze.
Fulgo o Fulgone Bello Leccese, consigliere di Guglielmo il Buono, patrizio leccese, fu vescovo di Lecce dal 1180 o 1183 al 1200 e quindi anche pastore di Trepuzzi, passata nella diocesi, per la donazione dal 1190 data dal re Tancredi.
La discesa dei Normanni in Puglia avvenne nel 1072. Essi introdussero la devozione all'Assunta e Trepuzzi figura tra i paesi che venerano la Vergine. Pertanto la devozione alla Madonna Assunta, protettrice della nostra città, ha una tradizione che risale al 1072.
Il Feudo di Trepuzzi ed il Subfeudo di Terenzano, appartenevano ai conti di Conversano, Signori Acquaviva D'Aragona, sui quali il titolo di Marchesi, per cui Marchesal Corte di Trepuzzi.
Questo Feudo, abbastanza importante, fu oggetto di diverse controversie, sorte tra i ereditari dei Signori Acquaviva, e venne più volte sequestrato dal Regio Fisco, per la mancanza di eredi diretti, finchè nel 1725, il Duca Francesco Carignani, anch'egli ereditare, ebbe l'incarico di governarlo.
Più tardi, lo stesso Duca Francesco Carignani comprò il Feudo di Trepuzzi ed il Subfeudo di Terenzano nell'anno 1753.